1981m. padėtas pirmas Pakruojo 2-osios vidurinės mokyklos pamatų akmuo.

1982 metų rugsėjo 1—ąją duris atvėrė  2—oji vidurinė mokykla. Direktoriumi buvo paskirtas Jonas Klikūnas iki tol vadovavęs Linkuvos K. Požėlos vidurinei mokyklai.

Atidarymo dieną buvo beveik visiškai įrengti 35 kabinetai (8 pradinių klasių, 4 lietuvių kalbos ir literatūros, 6 rusų kalbos ir literatūros, 2 anglų kalbos, 1 prancūzų kalbos, 4 matematikos, 2 fizikos, 2 istorijos, geografijos, chemijos, biologijos,  pradinio karinio rengimo, namų ruošos, braižybos – piešimo, dvejos dirbtuvės – medžio ir metalo). Kabinetuose, ypač fizikos, geografijos, užsienio kalbų, daug kas automatizuota.

Į 35 naujus kabinetus (iš jų 4 lingafoniniai) skambutis pakvietė 779 mokinius, kurie sudarė 25 klases. Juos ruošėsi mokyti 37 pedagogai. Pirmieji mokyklos vadovai – direktorius Jonas Klikūnas (mokyklai vadovavęs 7 metus), pavaduotojos ugdymui Alma Uogintienė, Zita Adomaitienė, užklasinio darbo organizatorė Birutė Lebedeva, pavaduotojas ūkio reikalams Juozas Vėdaras.

Nuo pirmų metų dėstė reiklūs, savo dalyką išmanantys pedagogai, kaip G. Bučnienė,   N. Gudienė, D. Butkuvienė, B. Geležinytė, N. Jasnauskienė, D. G. Juknienė, V. Kleinotaitė, B.Koreivienė, E. Kudulienė, V. Lukšienė, L. Baltrušaitienė, O. Venckuvienė, D. Lukuševičienė, H. Plungienė, R. Stapušaitienė, V. Stapušaitis, V. Trepekienė, K. Uogintas, E Nikontienė.

Labai jaukią ir tvarkingą biblioteką įrengė bibliotekininkė L. Kalnelienė.

Mokiniai garsino mokyklą ir už rajono ribų – 1986 m. merginų, o 1988 m. vaikinų ansamblis dalyvavo konkurso ,,Dainų dainelė“ respublikiniame ture (mokytoja G. Četkauskienė). Šokių mokytojos R. Blaškienės šokėjai dalyvaudavo Dainų ir šokių šventėse.

Per tuos metus pasikeitė ir mokyklos vadovai. 1987 metais iš Pakruojo  išvykus užklasinio darbo organizatorei B. Lebedevai, ją pakeitė L. Kanapickienė,  po metų šio darbo ėmėsi V. Abromavičienė. Vietoj A. Uogintienės, perėjusios į mokytojos pareigas, pavaduotoja tapo E. Baltrušaitienė, su ja kartu pavaduotojomis dirbo ir Z. Adomaitienė bei G. Nikontienė.

Nuo 1989 metų mokyklai vadovavo V. Sutnikas. Keitėsi ir pavaduotojai – vietoj E. Baltrušaitienės pradėjo dirbti V. Stapušaitis, o vietoj G. Nikontienės – Ž. Pileckienė.

1993 m. prasidėjo mokytojų perkvalifikavimo banga. Prioritetine tvarka metodininko kategorija buvo patvirtinta K. Uogintui, apsigynė B. Koreivienė, R. Stapušaitienė, G. Norvaišaitė,  V. Kleinotaitė, Z. Adomaitienė, R. Biknienė. Vėliau kvalifikaciją galėjo suteikti pačios mokyklos išrinkta kvalifikacijos komisija, kuri sudaroma iš mokytojų, mokinių tėvų ir švietimo skyriaus atstovo.

1994 metais, V. Sutnikui  išvykus dirbti į Joniškį, mokyklos direktoriumi tapo A. Šidlauskas. Pavaduotojomis ugdymui dirbo D. – G. Juknienė, V. Abromavičienė, Ž. Pileckienė, po to  V. Grigonienė, vėliau ją pakeitė R. Albrikienė.

1994 m. mokykloje veikė mokyklos taryba, susidedanti iš mokytojų, mokinių ir tėvų renkamų atstovų.

1994-1995 m. m. mokėsi 914  mokinių, buvo 2 dvyliktosios ir trys pirmosios klasės. Įsteigtas specialiojo pedagogo etatas.

1994 m. užmegztas ryšys  Mariestado (Švedija) miestu. Susitikimų metu svečiai susipažino su mūsų ugdymo sistema, aplankė didžiausius šalies miestus. Svečiai gyveno mokytojų šeimose ir susipažino su jų buitimi.  Jau po pirmojo vizito švedų kolegos atsiuntė mums dovanų, gavome mokymo priemonių, baldų.

1997 m. mokykla iš 2-osios vidurinės mokyklos tapo ,,Žemynos“ vidurine mokykla, buvo sukurta mokyklos vėliava, kurios autorė – mokytoja J. Terčiukovaitė, ir himnas – žodžius parašė mokytoja R. Stuogienė, muziką – G. Četkauskienė.

1998-1999 m. m. mokėsi 901 mokinys, mokykloje, kaip ir visoje respublikoje, įvedamas profilinis mokymas. Rengiami kursai, juose dalyvavo ir mūsų mokyklos mokytojai, šios iniciatyvos ėmėsi direktoriaus pavaduotoja ugdymui D. – G. Juknienė. Formuojamos klasės pagal pasirinktą profilį – humanitarinį, tiksliųjų, socialinių, gamtos mokslų.

2002 m. Pakruojo savivaldybės sprendimu vidurinė mokykla reorganizuota į pagrindinę mokyklą.  Tada mokėsi 789 mokiniai.

2004 m.  direktoriumi tapo  D. Ramonas, prieš tai dirbęs technologijų mokytoju.

2007 m. pradėta  išorės renovacija. Mokykla įgavo naują išvaizdą – apšiltinta, perdažyta, su plastikiniais langais. Viduje suremontuoti ir įrengti tualetai, moderniai suremontuotas rūsys, kitokia tapo rūbinė.

Mokytojų metodinę veiklą organizavo lituanistų, užsienio kalbų, tiksliųjų, gamtamokslių, menų ir kūno kultūros, klasių auklėtojų, pagalbos mokiniui, socialinių mokslų mokytojų metodinės grupės. Kiekviena metodinė grupė išsirenka pirmininką, kuris koordinuoja darbą, įeina į metodinę tarybą, perduoda nariams veiklos kryptis. Grupė organizuoja bendrus seminarus, renginius. Mokykloje veikia ir seniūnų taryba, kuri koordinuoja klasių veiklą.

2008 m. m. direktoriaus pavaduotoja tapo Aida Stakutienė, prieš tai mokykloje dirbusi specialiąja pedagoge ir Modesta Tamašauskienė – informacinių technologijų mokytoja.

Nuo 2008-2009 m. m. bandyta į mokyklą vėl grąžinti uniformas, kurių buvo atsisakyta pirmaisiais nepriklausomos Lietuvos gyvavimo metais. Uniformoms buvo pasirinkti žali megztukai, marškinėliai, kaklaraiščiai, mokiniai segėjo ženkliukus.

2011-2012 m. m. mokykloje mokėsi 503 mokiniai. Atsinaujino mokyklos bibliotekos baldai, įranga. Pradėta vykdyti kabinetų renovacija. Renovuotas mokyklos šiaurinis korpusas, kuriame įsikūrę informacinių technologijų, fizikos, chemijos kabinetai, metalo ir medžio dirbtuvės.     Toliau tęsiami projektai, kuriamos naujos tradicijos. Mokykla turi neblogą ugdymo bazę: 37 mokymui skirti kabinetai, aktų, sporto salės, 1 gamtos mokslų laboratorinis kabinetas, 2 kabinetai skirti bibliotekai, mokytojų kambarys, 4 administracijos, 1 prailgintos dienos grupės, 1 psichologės, 1 socialinės pedagogės, 1 logopedės kabinetai.  Visuose kabinetuose yra kompiuteriai. Mokykloje dirba 65 pedagoginiai darbuotojai. Pereita prie elektroninio dienyno visose 1 – 10 klasėse.

2012 m. mokykla šventė savo 30 metų jubiliejų pasikeitusi tiek savo išore, tiek tradicijomis, požiūriu.

2013-2014 m. tęsėsi mokyklos renovacijos darbai: renovuota aktų salė, rytinis korpusas. Dėl mokyklų tinklo pertvarkos, mieste uždaroma „Versmės“ pradinė mokykla. Visi miesto pradinukai mokosi šioje mokykloje. Mokykla organizuoja ir įsijungia į įvairius projektus, atvira naujovėms.

2017 m.  buvo švenčiamas mokyklos 35 – metis.  Jubiliejų pasitiko visiškai renovuota.

2018 – 2019 m. m. mokosi 460 mokinių. Nuo šių mokslo metų nebeformuojamos 9 – 10 klasės.